ในปี พ.ศ.2504 ทางคณะกรรมการมัสยิดดารุ้ลมุห์ซีนีน(บ้านดอน) และบรรดาผู้อาวุโสในหมู่บ้านได้เล็งเห็นว่า การสอนหนังสือของอาจารย์มูฮำหมัด บิน ซอและห์ (ครูหมัดไฝ) โดยใช้บ้านเป็นสถานที่สอนนั้น มีสถานที่ไม่เพียงพอกับจำนวนนักเรียนที่เพิ่มมากขึ้น และยังจะทำความลำบากให้กับครอบครัวของท่านด้วย จึงได้คิดสร้างโรงเรียนสอนศาสนาขึ้น และได้มีการประชุมปรึกษาหารือกัน ในที่สุดมีมติให้จัดสร้างโรงเรียน โดยใช้เงินของมัสยิด และได้ทำการปลูกสร้างบนที่ดินของฮัจยีอิสหากและฮัจยะห์โต๊ะทิม บุษบา โดยก่อสร้างเป็นอาคารไม้ 2 ชั้น เริ่มทำการก่อสร้างในตอนเข้าของวันอาทิตย์แห่งเดือนซุ้ลฮิจญะห์ ปี ฮ.ศ. 1381 (พ.ศ. 2504)
 
และในปีเดียวกันนี้เอง ฮัจยีซำซุดดีน หวังภักดี ได้เดินทางไปประกอบพิธีฮัจย์ ได้เข้าพบกับท่านซัยยิด อามีน ซึ่งท่านเป็นอาจารย์สอนหนังสือในมัสยิดอัลฮารอมที่มักกะห์ และเป็นที่รู้จักกันดีในหมู่คนไทยและเอเชียที่ไปศึกษาอยู่ที่นครมักกะห์ และท่านยังเป็นผู้สืบเชื้อสายมาจากท่านนบี(ซ.ล.)อีกด้วย และได้เรียนให้ทราบถึงการสร้างโรงเรียนสอนศาสนาของท่าน ท่านซัยยิด อามีน ได้ยกมือทั้งสองของท่านขึ้นขอต่อเอกองค์อัลเลาะห์ตาอาลา และด้วยบารอกัตอันยิ่งใหญ่ จากคำวิงวอนของท่านนี่เอง ที่ทำให้โรงเรียนมีความเจริญรุ่งเรือง มีชื่อเสียงเป็นที่รู้จักไปทั่วโลกมุสลิม

คณะกรรมการและบรรดาช่างก่อสร้างทั้งหลาย ได้ร่วมมือร่วมใจกัน ทำการสร้างโรงเรียนโดยไม่ได้คิดค่าแรงแต่อย่างใด ใช้เวลาในการก่อสร้างประมาณ 1 เดือนก็เสร็จเรียบร้อย ท่านจึงได้ย้ายไปทำการสอนบนโรงเรียน และมีนักเรียนมาสมัครเรียนเพิ่มเป็นจำนวนมาก ทางโรงเรียนไม่มีที่พักให้กับนักเรียนที่อยู่ห่างไกล จึงจำเป็นจะต้องหาที่พักกันเอาเอง ฮัจยีอีซา ฮัจยะห์ฮาบีเบาะห์ หนูรักษ์ ได้ให้ความอนุเคราะห์ อนุญาตให้ใช้ที่ดินใกล้โรงเรียน เป็นสถานที่ปลูกสร้างที่พักหลังเล็กๆ หรือที่เรียกกันว่า “ปอเนอะ” เป็นการชั่วคราว เพื่อจะได้เป็นที่พักอาศัยและศึกษาหาความรู้ ต่อมาเมื่อมีนักเรียนมาศึกษาเพิ่มมากขึ้น อาจารย์ผู้ทำการสอนมีเพียงท่านเดียว ย่อมไม่สามารถทำการสอนได้ทั่วถึง จึงจำเป็นต้องเพิ่มครูขึ้นมาอีก ทางคณะกรรมการมัสยิดฯซึ่งทำหน้าที่เป็นคณะกรรมการการศึกษาของโรงเรียน จึงจัดให้นักเรียนที่กำลังเรียนอยู่ในชั้นสูง มาช่วยทำการสอนนักเรียนชั้นต่ำ เป็นการแบ่งเบาภาระของท่านลงไปได้บ้าง สำหรับตัวท่านนั้นไม่ต้องการสิ่งตอบแทนใดๆ ท่านได้ทุ่มเทชีวิตของท่านให้แก่ศาสนา มุ่งแต่ทำการสอนหนังสือเพียงอย่างเดียว และท่านก็เป็นที่นับถือของชาวบ้านทั่วไปในนาม “ครูหมัดไฝ”
 
โรงเรียนที่ก่อตั้งขึ้น ยังมิได้มีการตั้งชื่อและจดทะเบียนให้ถูกต้อง เป็นแต่เรียกกันโดยทั่วไปว่า “โรงเรียนครูหมัด” และโรงเรียนยังตั้งอยู่ในสิ่งแวดล้อมที่เต็มไปด้วยบรรดาสิ่งเย้ายวนทั้งหลายในย่านเพชรบุรีตัดใหม่ และเพื่อความเป็นศิริมงคลและเพื่อโครงการต่อไปในอนาคต คณะกรรมการการศึกษาจึงได้ตั้งชื่อว่า “โรงเรียนมิฟตาฮุ้ลอุลูมิดดีนียะห์” หมายถึง “กุญแจไขไปสู่วิชาการแห่งศาสนา”
 
ต่อมาในปี พ.ศ. 2518 ท่านได้ขอยื่นจดทะเบียนโรงเรียนอย่างเป็นทางการต่อกระทรวงศึกษาธิการ และได้รับอนุญาตให้เป็นโรงเรียนสอนศาสนา ตั้งแต่ระดับเตรียมจนถึงชั้นซานาวีย์ โดยท่านดำรงตำแหน่งเป็นผู้จัดการโรงเรียน
 
ภายหลังจากเปิดการสอนไปได้ระยะหนึ่ง ได้มีลูกศิษย์ของท่านจำนวนมากเข้าสอบชิงทุนไปศึกษาต่อยังต่างประเทศ และปรากฏว่ามีนักเรียนไดรับทุนการศึกษาจากต่างประเทศหลายประเทศ เช่น ประเทศอียิปต์ ซาอุดีอาระเบีย ตูนีเซีย แอลจีเรีย ลิเบียและกาตาร์ เป็นต้น
 
โรงเรียนมิฟตาฮุ้ลอุลูมิดดีนียะห์ ยังมิได้มีที่ดินเป็นของตนเอง แต่ได้อาศัยปลูกอยู่บนที่ดินของเอกชน ในปี พ.ศ. 2514 ทางคณะกรรมการการศึกษาจึงคิดที่จะซื้อที่ดิน เพื่อให้เป็นสมบัติของโรงเรียน และได้มีมติจัดงานการกุศลโดยมีวัตถุประสงค์รับความช่วยเหลือจากพี่น้องมุสลิมในหมู่บ้านดอน และพี่น้อยมุสลิมจากต่างตำบลในการจัดซื้อที่ดิน ในการจัดงานดังกล่าวทางโรงเรียนได้รับความร่วมมืออย่างดียิ่ง ที่ได้ร่วมบริจาคทรัพย์จนเพียงพอแก่การจัดซื้อที่ดิน จนกระทั่งทางโรงเรียนมีที่ดินรวมทั้งสิ้น 380 ตารางวา และวะกัฟให้เป็นสมบัติของมัสยิดดารุ้ลมุห์ซีนีน(บ้านดอน) เพื่อจะได้ทำการก่อสร้างอาคารเรียนหลังต่อไป
 
ทางคณะกรรมการมัสยิดและคณะกรรมการการศึกษา ได้มีดำริจะสร้างและขยายอาคารเรียน ที่แต่เดิมเป็นอาคารไม้สองชั้น มาเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กสามชั้น และได้จัดงานการกุศลขึ้นอีกครั้งหนึ่ง มีวัตถุประสงค์เพื่อวางศิลารากฐานอาคารเรียนหลังใหม่ขึ้น เมื่อวันที่ 5 พฤษภาคม 2517 โดยท่านจุฬาราชมนตรีต่วน สุวรรณศาสน์ ให้เกียรติมาเป็นผู้ประกอบพิธีวางศิลารากฐาน และด้วยความโปรดปรานของพระผู้เป็นเจ้า และจากความศรัทธาของพี่น้องมุสลิม ทำให้อาคารเรียนหลังใหม่ได้ก่อสร้างเสร็จลง เป็นอาคารคอนกรีต 3 ชั้น ดังที่ท่านทั้งหลายได้เห็นอยู่ในขณะนี้ และท่านจุฬาราชมนตรีต่วน สุวรรณศาสน์ ก็ได้ให้เกียรติมาเป็นผู้ทำพิธีเปิดอาคารเรียนหลังใหม่นี้ เมื่อวันที่ 11 เมษายน 2519
 
ท่านจุฬาราชมนตรีประเสริฐ มะหะหมัด ได้ทำการบริหารงานของโรงเรียน โดยท่านดำรงตำแห่งผู้จัดการและอำนวยการสอน และท่านก็ได้ทำการสอนด้วยตัวท่านเองด้วย ท่านให้ความรักแก่ลูกศิษย์ของท่าน เปรียบเสมือนลูกของท่าน ท่านจะใช้เหตุผลในการตัดสินปัญหา ลูกศิษย์ของท่านทุกคนให้ความเคารพและยำเกรง นอกจากนี้ท่านยังได้ทำการสอนที่บ้านของท่านในตอนเช้าหลังละหมาดซุบฮิ มีนักเรียนมาเรียนกันจำนวนมาก ต่อมาเมื่อสุขภาพของท่านไม่เอื้ออำนวย การสอนในตอนเช้าก็ถูกยกเลิกไป เพราะทุกคนลงความเห็นว่า ต้องการให้ท่านได้พักผ่อนมากๆ ท่านต้องเหน็ดเหนื่อยกับการสอน ท่านอุทิศตนเพื่อหนทางศาสนาอย่างแท้จริง
 
ปัจจุบัน โรงเรียนได้อยู่ในความดูแลของคณะกรรมการมัสยิดดารุ้ลมุห์ซีนีน(บ้านดอน) มีนายอรุณ บุญชม อีหม่ามมัสยิดดารุ้ลมุห์ซีนีน เป็นผู้รับใบอนุญาต  สก.ประสิทธิ์(อุสมาน) มะหะหมัด เป็นผู้จัดการ, อาจารย์วินัย(ฮุซัยนี) หวังภักดี เป็นอาจารย์ใหญ่, อาจารย์ทองคำ(อาดำ) มะหะหมัด และอาจารย์อรุณ(มูฮำหมัดยาลาลุดดีน) บุญชม เป็นฝ่ายวิชาการ และคณาจารย์อีก 20 กว่าท่าน ที่พร้อมทำหน้าที่อบรมสั่งสอนลูกศิษย์ ให้เป็นคนดีของสังคมและเป็นบ่าวที่ดีของพระผู้เป็นเจ้า ตามเจตนารมณ์ของอดีตท่านจุฬาราชมนตรี อาจารย์ประเสริฐ มะหะหมัด และบรรดาผู้อาวุโสที่ล่วงลับไปแล้วสืบไป