เมื่อประมาณ 170 ปีล่วงมาแล้ว ชนมุสลิมกลุ่มหนึ่งจากภาคใต้ของประเทศไทย คือจังหวัดปัตตานี ได้มาตั้งภูมิลำเนาเป็นหมู่บ้านเล็กๆ อยู่ในบริเวณถนนสุขุมวิท ซอย 47 (ซอยบ้านดอน) ขณะนั้นบริเวณดังกล่าวเป็นที่ดอน จึงเรียกชื่อหมู่บ้านนี้ว่า “บ้านดอน” และยังไม่มีมัสยิดที่จะประกอบศาสนกิจ ต่อมาหมู่บ้านนี้(บ้านดอน) มีคนเพิ่มมากขึ้น ทำให้ความเป็นอยู่ได้รับความลำบากนานาประการ เนื่องจากหมู่บ้านนี้ตั้งอยู่บนที่ดอน การขาดแคลนน้ำและการคมนาคมเป็นปัญหาสำคัญยิ่ง จึงได้รวมกันย้ายหมู่บ้านมาอยู่ที่บ้านต้นไทร ริมคลองแสนแสบ เพราะเนื่องจากมีต้นไทรต้นหนึ่ง คนทั่วไปจึงเรียกว่า “บ้านต้นไทร” แต่คนที่เข้ามาตั้งบ้านเรือนอยู่นั้น ได้ย้ายมาจากบ้านดอน จึงเรียกชื่อหมู่บ้านนี้ว่า “บ้านดอน” จนกระทั่งปัจจุบัน

เมื่อได้ตั้งหมู่บ้านอยู่ริมคลองแสนแสบแล้ว ความเป็นอยู่ในเรื่องน้ำดื่มน้ำใช้ การคมนาคมตลอดจนการประกอบอาชีพก็ได้รับความสะดวกสบายขึ้นเป็นอันมาก จนทำให้ทุกคนคิดว่าจะต้องสร้างหลักแหล่งอยู่ที่หมู่บ้านนี้ตลอดไป จึงจำเป็นต้องจัดการสร้างมัสยิด เพื่อใช้เป็นสถานที่ประกอบศาสนกิจขึ้น แต่มัสยิดสมัยนั้นเป็นเรือนไม้ชั้นเดียวเล็กๆ ตั้งอยู่ในที่ดินส่วนบุคคล ซึ่งเจ้าของที่ดินอนุญาตให้มัสยิดอาศัยอยู่ โดยมีฮัจยีฮะ มุสตาฟา เป็นอิหม่าม และเมื่อฮัจยีแป้น ได้มาซื้อที่ดินที่มัสยิดตั้งอยู่ จึงได้วากัฟ(อุทิศ)ให้เป็นที่ดินของมัสยิด ร่วมกับนางมัรยัม(แมะ) เลาะเซ็ม ซึ่งเป็นบุตรสาว เป็นเนื้อที่ 62 ตารางวา เมื่อฮัจยีฮะ มุสตาฟา ได้ถึงแก่กรรมลง ฮัจยีเซ็น หวังภักดี ได้เป็นอิหม่าม และได้ดำรงหน้าที่อิหม่ามด้วยความเรียบร้อยตลอดมา

ต่อมาเมื่อฮัจยีเซ็น หวังภักดี ถึงแก่กรรมลง ฮัจยีอับดุลเลาะห์ กระเดื่องเดช ได้เข้าดำรงตำแหน่งอิหม่าม ได้บริหารและพัฒนามัสยิดให้เจริญขึ้นเป็นลำดับ โดยท่านได้ซื้อที่ดินวากัฟ(อุทิศ) ให้เป็นสมบัติของมัสยิดจำนวน 347 ตารางวา ทำให้ที่ดินของมัสยิดมีบริเวณกว้างขึ้น และได้จัดสร้างมัสยิดหลังใหม่ เมื่อ พ.ศ. 2482 แทนที่มัสยิดหลังเก่าที่มีสภาพทรุดโทรม มัสยิดที่สร้างขึ้นใหม่นี้เป็นเรือนไม้ชั้นเดียว ทำด้วยไม้สัก มีขนาดกว้าง 8 เมตร ยาว 14 เมตร มีมุขหน้า สิ้นค่าก่อสร้างประมาณ 1,250 บาท (หนึ่งพันสองร้อยห้าสิบบาท) และหลังจากได้สร้างมัสยิดเสร็จเรียบร้อยแล้ว ได้พิจารณาเห็นว่าที่ดินรอบคลองแสนแสบ ได้ถูกน้ำกัดเซาะพังเข้ามาอยู่เสมอ จึงได้ลงเขื่อนตลอดแนวที่ดินมัสยิดเป็นที่เรียบร้อย สิ้นเงินประมาณ 175 บาท (หนึ่งร้อยเจ็ดสิบห้าบาท) ท่านได้ดำรงตำแหน่งอิหม่ามตลอดมาเป็นเวลาประมาณ 27 ปี

เมื่อ พ.ศ. 2488 ฮัจยีอับดุลเลาะห์ กระเดื่องเดช ได้ถึงแก่กรรมลง อิหม่ามชม มุสตาฟา ดำรงตำแหน่งหน้าที่อิหม่ามสืบมา โดยมีนายสมาน(อามีน) หวังภักดี เป็นคอเต็บ ฮัจยีหมัด เลาะเซ็ม เป็นบิหลั่น ในสมัยนั้นมีจำนวนสัปปุรุษและครอบครัวใหม่ๆเพิ่มขึ้นเป็นจำนวนมาก และยังไม่ได้รับความสะดวกในเรื่องไฟฟ้าและน้ำประปา คณะกรรมการมัสยิดจึงได้ขออนุญาตติดตั้งขึ้นจนเป็นผลสำเร็จ จนกระทั่ง พ.ศ. 2504 ปรากฏว่าจำนวนสัปปุรุษยิ่งเพิ่มมากขึ้น จนมัสยิดไม่พอแก่การประกอบศาสนกิจ คณะกรรมการมัสยิดได้ตระหนักถึงเรื่องนี้มาก จึงได้ประชุมปรึกษาหารือแก้ปัญหา เห็นว่าสมควรให้สร้างอาคารมัสยิดถาวรขึ้น มีขนาดกว้างใหญ่พอแก่จำนวนสัปปุรุษ ที่จะประกอบศาสนพิธี ซึ่งในการนี้ทางคณะกรรมการมัสยิดได้มีทุนสำรองจากกรมการศาสนา ที่ได้อนุมัติให้ความช่วยเหลือเพื่อการซ่อมแซมตัวอาคารมัสยิดหลังเดิมเป็นจำนวนเงิน 10,000 บาท และจะได้ใช้เป็นทุนเริ่มแรกในการวางรากฐานดำเนินการก่อสร้างมัสยิดหลังใหม่ ซึ่งที่ประชุมได้ลงมติเป็นเอกฉันท์ให้ดำเนินการก่อสร้างได้ และในวาระการประชุมดังกล่าว ปรากฏว่ามีท่านผู้มีจิตศรัทธาอย่างแรงกล้า แสดงเจตจำนงด้วยใจบริสุทธิ์ ช่วยกันบริจาคเงินเพื่อสร้างมัสยิดหลังใหม่ ดังมีรายนามต่อไปนี้

ต่อจากนั้นได้จัดทำถนนกว้าง 4 เมตร ยาวประมาณ 200 เมตร และนายพัน โพธิบุตร ได้สละที่ดินถมถนนเพิ่มขึ้นอีกจนแล้วเสร็จเมื่อได้จัดทำถนนและขยายที่ดินเป็นที่เรียบร้อยแล้วก็ได้เริ่มดำเนินการก่อสร้างมัสยิดโดยวิธีการเปิดซองประมูลราคา ซึ่งได้แก่ บริษัทวัฒนาก่อสร้างจำกัด เป็นรับเหมาทำการก่อสร้างตามแบบแปลนของเทศบาลนครกรุงเทพฯ โดยคณะกรรมการและสัปปุรุษ ได้มอบความไว้วางใจแต่งตั้งให้นายสมพร พุ่มดอกไม้ กรรมการมัสยิดคนหนึ่ง ผู้เป็นกำลังสำคัญในการก่อสร้างครั้งนี้ เป็นผู้เซ็นสัญญากับบริษัทวัฒนาก่อสร้างจำกัดแต่เพียงผู้เดียว และได้แต่งตั้งฮัจยีสมาน หวังภักดี คอเต็บ และฮัจยีหมัด เลาะเซ็ม บิหลั่น เป็นหัวหน้าควบคุมการก่อสร้าง และได้แต่งตั้งให้อาจารย์มูฮำหมัด มะหะหมัด (ครูหมัดไฝ) เป็นเจ้าหน้าที่รับเงินบริจาค ทำหน้าที่ควบคุมดูแลและเก็บรักษาเงินของมัสยิดแต่ผู้เดียว

เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม 2505 คณะกรรมการมัสยิดและสัปปุรุษได้จัดงานวาง “ศิลารากฐาน” โดยท่านจุฬาราชมนตรี ต่วน สุวรรณศาสน์ ในวันนั้นได้มีพี่น้องมุสลิมจากภายในตำบลและภายนอกตำบลอื่นๆ ได้บริจาคสมทบทุนเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ เป็นจำนวนเงิน 140,000 บาท (หนึ่งแสนสี่หมื่นบาท)

มัสยิดหลังใหม่นี้ สร้างเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็กสองชั้น มีขนาดกว้าง 19 เมตร ยาว 37 เมตร มีมุขหน้า มีชานโดยรอบกว้าง 2 เมตร พื้นไม้แดง มีสองโดม และหออะซานสูงประมาณ 20 เมตร มีรั้วเหล็กและกำแพงคอนกรีตล้อมรอบบริเวณ จัดทำที่สำหรับอาบน้ำละหมาด 10 ก๊อก ห้องน้ำ 3 ห้อง ตั้งแต่เริ่มทำการก่อสร้างจนแล้วเสร็จเป็นเวลา 11 เดือน ค่าก่อสร้างรวมทั้งสิ้นเป็นเงิน 1,036,000 บาท (หนึ่งล้านสามหมื่นหกพันบาท)    เงินที่ใช้ในการก่อสร้างได้รับบริจาค
จากบรรดาสัปปุรุษ ที่ได้นำมาบริจาคสมทบ ซึ่งทั้งนี้ทางมัสยิดมิได้ส่งผู้แทนออกเรี่ยราย ณ ที่ใดเลย ด้วยผลงานต่างๆที่กล่าวมาแล้ว ได้ประสบความสำเร็จจนปรากฏผลเป็นที่น่าภาคภูมิใจ ทั้งนี้ได้รับความร่วมมือร่วมใจจากบรรดาสัปปุรุษของมัสยิดนี้ และคณะกรรมการทุกคนได้ปฏิบัติหน้าที่ที่ได้รับมอบหมายอย่างมีประสิทธิภาพ ตลอดจนการประสานงานและความสามัคคีอันเข้มแข็งของกรรมการชุดปัจจุบัน เราทุกคนต่างยึดมั่นในคติที่ว่า “ความสามัคคีเป็นบ่อเกิดแห่งความสำเร็จ” อัลฮัมดุลิ้ลลาฮ์ ด้วยบารอกัตและเนียะมัตขององค์อัลเลาะห์ตาอาลา กิจกรรมอันสำคัญนี้จึงสำเร็จลุล่วง สมความมุ่งหมายทุกประการ